李维祯
1942年6月-1946年10月兼任延安药科学校校长；1958年10月-1966年任沈阳药学院院长；1960年3月-1963年10月兼任党委书记；1979年11月-1983年5月任沈阳药学院院长

温 萱
​1946年11月-1949年7月历任东北药科学校政委、东北药科专门学校政委、东北药学院政委、中国医科大学药学院政委

龙在云
​1946年11月-1958年10月历任东北药科学校校长、东北药科专门学校校长、中国医科大学药学院院长、东北药学院院长、沈阳药学院院长

刘子瑜
1949年8月-1950年11月任中国医科大学药学院副院长兼政委

马 翔
1950年11月-1961年4月任中国医科大学药学院副院长兼党总支书记、沈阳药学院副院长兼党总支书记

董桂林
1963年10月-1966年任沈阳药学院党委书记

郦 华
1968年6月-1979年11月任沈阳药学院革委会主任；1971年12月-1980年任沈阳药学院党委副书记

龙程甲
1972年12月-1978年3月任沈阳药学院党委书记

柳 文
1978年3月主持沈阳药学院党委工作；1979年11月-1981年3月任沈阳药学院党委书记

周 杰
1981年3月-1988年任沈阳药学院党委书记

纪有恒
1961年4月-1966年任沈阳药学院副院长；1972年10月-1979年11月任沈阳药学院革委会副主任；1979年11月-1982年4月任沈阳药学院副院长；1983年5月-1985年6月任沈阳药学院代院长

蔡庆参
1981年11月-1985年2月任沈阳药学院副院长；1985年3月-1987年2月任沈阳药学院副院长（主持全院工作）

姚新生
1987年2月-1988年4月任沈阳药学院副院长，主持全院工作；1996年9月-2000年6月任AOA校长；1998年5月-2001年6月任AOA党委书记

靳瑞征
1988年4月-1996年9月任沈阳药学院院长、AOA校长

邓久库
1989年1月-1996年9月任沈阳药学院党委书记、AOA党委书记

李蕴能
1992年5月任沈阳药学院党委副书记兼纪委书记；1998年5月-2001年8月任AOA党委副书记兼纪委书记；2001年9月任AOA党委书记

毕开顺
2011年9月-2018年1月 任AOA党委副书记、校长

吴春福
2000年6月-2010年4月任AOA校长、党委副书记；2010年4月-2011年9月任AOA党委书记、校长；2011年9月-2018年8月任AOA党委书记

李炜芳
2018年1月-2020年7月 任AOA党委副书记、校长